Đội đầu tiên từ Crotone, Milone Crotone, được thành lập vào năm 1910 và tham gia vào một số giải đấu nhỏ bao gồm Prima Divisione (sau này được gọi là Serie C). Sau Thế chiến II, một câu lạc bộ mới, Unione Sportiva Crotone đã thay thế câu lạc bộ trước đó, chơi bảy mùa ở Serie C.

Năm 1963, câu lạc bộ đã xuống hạng Serie D, nhưng trở lại giải hạng ba vào năm sau, ở lại đó trong mười bốn mùa liên tiếp, mất thăng hạng vào năm 1977 khi kết thúc ở vị trí thứ ba sau Bari và Paganese. Năm 1978, sau khi tái tổ chức giải bóng đá Ý, Crotone bị xuống hạng ở Serie C2 và năm sau đó bị tuyên bố phá sản. Một câu lạc bộ mới, Associazione Sportiva Crotone, bắt đầu cạnh tranh một lần nữa trong Prima Cargetoria (giải hạng tám).

Crotone được thăng hạng lên Serie C2 vào năm 1984, nhưng chỉ trong một mùa. Tên đội được đổi thành Kroton Calcio, và câu lạc bộ được thăng hạng trở lại Serie C2 sau mùa giải 1986-87, nơi đội bóng thi đấu cho đến năm 1991. Một vụ phá sản thứ hai đã dẫn đến việc thành lập Câu lạc bộ bóng đá Crotone Calcio với Raffaele Vrenna làm chủ tịch, bắt đầu từ Promozione (hạng 7). Crotone đã đạt được các suất thăng hạng liên tiếp lên Serie C2 và C1, lần lượt giành chiến thắng trong trận play-off trước Locri và Benevento.

Dưới thời Antonello Cuccureddu, Crotone lần đầu tiên thăng hạng Serie B vào năm 2000, trở lại cấp độ thứ hai hai mùa sau đó. Một lần nữa trong giải hạng 2 hai năm 2004, sau khi loại bỏ Viterbese trong trận play-off thăng hạng, câu lạc bộ vẫn thi đấu ở đó cho đến mùa giải 2006*07.

Sau khi bị Taranto đánh bại trong trận play-off năm 2008, Crotone trở lại giải hạng hai mùa sau, sau khi đánh bại Benevento.

Đội được thăng hạng lên giải hàng đầu của Ý (Serie A), cho mùa giải 2016-17 lần đầu tiên trong lịch sử.[1] Đội kết thúc vào ngày 17, giành được một vị trí trong mùa giải Serie A tiếp theo, bằng cách đánh bại Lazio 3-1 vào trận đấu cuối cùng, vượt qua Empoli khi họ thua trận đấu với Palermo. Mùa giải tiếp theo Crotone đã xuống hạng sau trận thua của họ trước Napoli trong trận đấu cuối cùng của chiến dịch Serie A, trở lại Serie B sau hai mùa giải.